Для инвестиций, которые осуществляют венчурные фонды, характерны высокие неопределенность и риск, и они достаточно часто имеют поэтапную природу. В связи с этим традиционный метод дисконтированных денежных потоков может быть дополнен иными подходами, способными учесть гибкость в принятии решений, в частности посредством оценки эффективности инновационного проекта с помощью методов, используемых в мировой практике, но пока не нашедших в России широкого применения. Одним из таких методов является метод реальных опционов. Традиционный анализ эффективности инновационного проекта также может быть дополнен исследованием влияния на показатели эффективности неопределенности генерируемых проектом будущих финансовых потоков с помощью метода нечетких множеств. Применение метода реальных опционов, а также аппарата нечетких множеств является, по мнению авторов, направлением совершенствования существующих методов оценки эффективности инновационных проектов. Статья посвящена нечетко-множественной оценке устойчивости генерируемых инновационным проектом финансовых потоков и показателей его эффективности. Кратко описывается методика оценки надежности и устойчивости нечетких показателей. Представлены результаты расчетов нечетко-множественных показателей оценки экономической эффективности реального инновационного проекта, реализуемого на территории России и финансируемого за счет средств венчурного фонда. Дана содержательная интерпретация полученных результатов. Описывается применение нечетко-множественного подхода к оценке стоимости составного колл-опциона по модели Геске-Хсу, использование которого дает дополнительные возможности.