Развитие экологического туризма в Республике Алтай является актуальной задачей - становление туристического сектора станет фактором активизации всего республиканского хозяйства, обеспечит значимые социально-экономические выгоды не только на региональном, но и на общегосударственном уровне, позволит частично решить проблему неравномерного распределения экономических и трудовых ресурсов на территории России, сохранив при этом равновесие между окружающей средой и экономическим воспроизводством. Работа включает методы квалитативного моделирования, а также некоторые элементы теории графов и кластерного анализа. Все методы анализа были реализованы с помощью языка программирования R. В данном исследовании проанализированы основные принципы квалитативного моделирования, позволяющего учесть качественные факторы, влияющие на туристическую индустрию, разработана квалитативная модель путей развития экологического туризма, определены оптимальные направления инвестиций в туристической отрасли Республики Алтай. Содержащиеся в работе основные положения и полученные результаты могут быть использованы для построения эффективной системы управления туризмом как на уровне региональных структур власти, так и на уровне субъектов туристического бизнеса. Самостоятельное научное и практическое значение имеет алгоритм квалитативного моделирования, который может быть использован для качественного моделирования различных систем региональной экономики, в том числе для моделирования туристической отрасли.