Компании, реализующие проекты с НИОКР (R&D), сталкиваются с их уникальными особенностями. Среди них: необходимость больших капитальных вложений, длительный срок реализации, высокий потенциал роста, низкая вероятность успеха, трудности с финансированием. Реализация подобных проектов связана с большими рисками. Это приводит к их недофинансированию, так как неопределенность результатов отпугивает инвесторов. Проблема оценки рисков, возникающих при реализации таких проектов, на уровне математических моделей анализа пока недостаточно исследована. Цель статьи — разработка модели, позволяющей исследовать риски, возникающие при реализации компаниями проектов с НИОКР (R&D). Автором разработана модель для оценки подобных рисков при помощи модифицированной для данного применения меры VaR. Получены формулы для расчета данной меры. Они доведены до простых аналитических выражений в предположениях равномерного распределения денежного потока от проекта, или треугольного распределения. Построенная модель учитывает важнейшие причины возникновения рисков в проектах с R&D. Ее можно использовать на практике при предварительной оценке риска проекта еще до его реализации и принятия решения о реализации с учетом риска. Кроме того, данную методику можно использовать и для стандартизации процесса принятия решения о реализации проектов с R&D c учетом «аппетита к риску» с применением меры риска VaR.